Több, mint 120 évvel a Prometheus végzetes küldetése és eltűnése után, kutatók újabb csapata indul útnak az LV-223-as bolygóra, hogy fényt derítsenek az emberiség teremtésének sötét rejtélyére, és egyúttal az elveszett űrhajó sorsáról is hírt hozzanak. Amikor a mentőcsapat egyik tagját kísérletképp beoltják a genetikai akcelerátorral, a bolygón mindenütt jelen levő sűrű, fekete masszával, káosz és kétségbeesés lesz úrrá az embereken. S mintha csak erre vártak volna, hamarosan megjelennek az Idegenek, a Ragadozók és maga a Tervező is...