A sötétben munkálkodva szolgáljuk a fényt. Orgyilkosok vagyunk. 
Callum Lynch nem jó ember.
A halálsoron várja kivégzését, amikor váratlanul új esélyt kap az Abstergo iparvállalattól: amíg nekik dolgozik egy titkos kutatóbázison, életben hagyják.
Egy a genetikai emlékezetet előhívó forradalmi technológiának, az Animusnak köszönhetően Callum Lynch a cég megbízásából átéli ősének, Aguilar de Nerha XV. századi Spanyolországban végbement kalandjait.
Callum a régmúlt újraélése közben rádöbben, hogy egy rejtélyes titkos társaság, az Orgyilkosok tagjainak leszármazottja. Saját kíváncsiságától hajtva igyekszik felgöngyölíteni a rejtélyeket, amikkel szembesül Aguilar életén keresztül, és mérhetetlen tudásra tesz szert.
A jelenbe visszatérve minden újdonsült képességére szüksége lesz, hogy szembeszállhasson az orgyilkosok ősellenségével, a nagyhatalmú és elnyomó Templomos renddel.
Callum Lynch ugyan nem jó ember. De azok, akik megmentették és ősei titka után kutatnak, mindennél rosszabbak.