XVI. Benedek pápa 2006-ban engedélyezte a Szent Officium 1939 előtti iratainak, köztük a Pio atya ügyében folytatott vizsgálat anyagának tanulmányozását. A Szent Hivatal által elrendelt első vizsgálat 1921-ben kezdődött el. A dokumentumok alapján adta ki Francesco Castelli a Vizsgálat Pio atya ügyében - Vatikáni titkos akták című könyvét, amelyben számos kevéssé ismert tényt tárt fel. A vizsgálat során napvilágra kerülő dokumentum megdöbbentő dolgokat (mint például a különleges gyógyulások, a bilokáció, a lélekbe látás képessége, a lázmérők szétrobbanása) árul el a szent életű Pio atya addig titokban tartott belső életéről. A kezdetben rendkívül bizalmatlan püspök inkvizítor, Mons. Raffaello Carlo Rossi, aki tudományos tárgyilagossággal kezelte az ügyet, hitetlenkedve számolt be a történtekről, amelyeknek szemtanúja volt. A vizsgálattal megbízott püspököt az is meglepte, milyen keveset eszik Pio atya: sokszor csak egy bögre forró csokoládét fogyasztott napközben, semmi mást, noha rendkívül zsúfolt napirendje volt, sőt olykor még ez a napi egyszeri étkezés is kimaradt. Az inkvizítort a Pio atyát körüllengő különleges illat is megdöbbentette, később ezt úgy nevezték: a szentség illata. A dokumentumok kedves, alázatos szerzetesként mutatják be Pio atyát, akinek csillog a szeme és remek humorérzéke van egyáltalán nem olyan szigorú, kemény papként, amilyennek sokan tévesen elképzelik. A 2002-ben szentté avatott kapucinus maga is döbbenten állt a körülötte zajló események előtt. Egyszer megjegyezte: Magam számára is misztérium vagyok.