A férfiban, akit Jason Bourne kiment a fagyos tengerből, már alig van élet. Amikor magához tér, nem tudja megmondani, ki ő és miért lőttek rá - Bourne-t mindez kísértetiesen emlékezteti a saját amnéziájára.
Aztán kiderül, hogy a Moszad egyik ügynöke, Rebeka olyannyira eltökélten meg akarja találni ezt a férfit, hogy még a cégével is megszakítja a kapcsolatot - a Moszad erre a legeredményesebb bérgyilkosát küldi utána.
Mindeme rejtélyekre vajon a libanoni titkos katonai táborban lehet magyarázatot találni, ahonnan Bourne és Rebeka némi tűzharcot követően pár hete megszökött? Vagy a szálak Treadstone-hoz vezetnek, ahol Soraya Moore és Peter Marks igazgatók azt a megbízást kapják, hogy iktassák ki a legendás terroristát, Nikodémuszt?
Kétségbeesett, életre-halálra menő vadászat kezdődik a titok után, amely mindörökre megváltoztathatja nemcsak Bourne, de az egész világ jövőjét is.